目前，消毒柜通常采用高温、臭氧、紫外线等方式消毒。而最常见的是高温和臭氧两种方式。
高温采用远红外线石英管加热，在125℃—170℃的高温下，对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草杆菌、乙肝病毒的杀灭率达99.99%；适用于陶瓷、玻璃、不锈钢等耐高温器具消毒。
臭氧采用高压无声放电装置激发空气中的氧，产生臭氧分子，通过臭氧分子的强氧化作用来达到杀菌目的，适用于不耐高温的塑料餐具或婴孩食具消毒。
紫外线消毒是根据辐射原理而应用在消毒保洁柜上的新增消毒方式，波长240-280mm的紫外线能引起细胞成份裂变，特别是核酸、原浆蛋白和酶等发生变化而导致病菌死亡，对一般性的头癣、传染性皮肤病菌等起一定的杀灭作用，适用于公用的湿毛巾、浴巾、衣物及理发器具等保洁消毒。
新型蒸汽消毒柜也已问世，蒸汽消毒柜采用高温结合流动蒸汽的原理，餐具消毒后光洁透亮，无油渍，无异味。对人体有害的大肠杆菌等其它菌类，均被彻底消灭干净，完全满足卫生条件。
