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苏木素染色后的细胞核呈现蓝色，细胞浆呈现粉红色或红色。进行免疫染色后的复染，操作步骤简便，操作时间短。可以操作步骤简便，操作时间短或培养细胞的染色，或与免疫组织化学、免疫细胞化学、免疫荧光、原位杂交等配合使用。使用苏木素染色液染色后还可以进行免疫染色或其它染料的复染。

苏木素溶液能够把细胞核染成半透明的浅蓝色，在酸性环境下会迅速变成红色。作为媒染剂使用的钾铝硫酸盐在碱性溶液通常结合与氢氧根形成不能溶解的氢氧化铝。  在过量的酸中，氢氧化铝由于缺乏OH-离子而溶解,因此,铝苏木素溶液的酸性溶液变成红色。  在铝苏木素溶液染色时，被染色的部分通常转移到一种碱性溶液中，中和酸并释放氢氧根，形成一个不溶的蓝色铝苏木精复合物。

苏木素的染色法。苏木素是从原产中南美的洋苏木（Haematoxylon  campechianum  L．）的心材提取出来的浅黄褐色的结晶。氧化后变成氧化苏木素（haematein）。苏木素和氧化苏木素都没有染色能力，但与媒染剂结合形成色淀（lake），这种色淀具有染色能力。核、染色体、着丝粒、中心体、线粒体、髓鞘等可被染成蓝色以至黑色。与伊红合用的苏木素-伊红双重染色法是最基本的一般组织的染色法。