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上海港治安机关始于清同治八年（1869年）设立上海港港警总部。1949年6月组建上海市公安局水上分局。1956年10月改组为上海航运公安局。1966年7月，交通部北方区海运公安局上海港分局成立。随后不久，受“文化大革命”冲击，航运公安局和上海港分局均先后解体。至1973年1月，重新组建上海市公安局航运公安局，1977年7月组建上海港公安局，分别负责港口水域和港区陆域的治安保卫工作。
一、上海港港警总部
根据海关总税务司赫德通令，上海港港警总部于同治八年成立。总部设址于浦东陆家嘴的一艘趸船上。上海港港口警察组织完全仿照英国伦敦泰晤士河港警组织的模式，由泰晤士河港警当局选派7名警官组成上海港警总部骨干，并制定了与英国港警相同的规章制度。其主要职责为：保护海关税收；保护航道畅通；防止犯罪和偷盗。英国人何威尔（JamesHowell）被任命为第一任上海港港警监督长。上海港港警总部隶属于港务长领导。港警巡逻区域以外滩海关为中心，其范围为上、下游各3.5海里，实际仅限于洋船停泊区的江面。以后随着洋船停泊区的不断扩展，港警的巡逻范围不断扩大。光绪二十二年（1896年）苏州河自外白渡桥至新闸桥一段水域也归港警管辖。光绪二十五年，港警在苏州河水面管辖的范围扩展至胶州路附近。到光绪二十六年，自白莲泾以下的黄浦江面以及胶州路以下的苏州河面都在港警的管辖之下。
民国12年（1923年）江海关和港务长决定改组港警，增加警员及更新设备。公共租界工部局派来一批外籍警官充实了港警队伍。翌年2月，港警总部在威妥玛路（今怀德路）浦江趸船上建立了派出所，由工部局巡捕房推荐一名外籍警官担任所长。
民国19年，港警巡逻范围扩展到从龙华张家塘到吴淞口，总长达21海里；苏州河则从河口至中山公园附近的铁路桥，长约7海里。同年，港警总部成立了刑事科。第二年又建立了罪犯指纹档案，以掌握案犯活动情况。
民国26年初，上海港警已达200人。港警监督长以及刑事科科长、助理警长、各派出所所长、管理公务及巡逻和负责消防艇的警长等关键职务都由外籍人员担任。当时装备有6艘装甲汽艇，以及供巡逻用的60只舢舨和“沪宁”号、“普济”号消防船。
日军侵占上海后，于民国26年11月没收了港警全部机动船。港警巡逻范围只限于外滩码头一带。
民国30年12月日军发动太平洋战争后，港警总监伍德尔不愿落入日军手中而自杀，日军随即接管港警，并派日本人担任港警总监，同时增设港警周家渡派出所和苏州河派出所。
抗日战争胜利后，港警队伍始以中国人为主管理。至民国38年初，港口警察署共有在编人员637人，其中警员347人，船员270人，杂项人员20人。下设白莲泾、陆家嘴、杨树浦和吴淞4个分署，其中，陆家嘴分署设在趸船内，锚泊在陆家嘴东面，管辖蓝烟囱码头至大达码头，警员、船员304人；杨树浦分署设在趸船内，锚泊在怀德路口，管辖自虬江码头至蓝烟囱码头范围，警员、船员161人；白莲泾分署设在趸船内，锚泊在南市电厂外，管辖大达码头至鳗鲤嘴张家塘范围，有警员、船员103人；吴淞分署设在吴淞海关内，管辖吴淞口到虬江码头范围，有警员、船员59人。各分署下设总务巡长分管内务，值班巡长处理海事、违章、走私、偷窃等案件。各分署均配备小火轮和马达艇3～4只，舢板40～50只，执行巡逻工作。
上海解放后，港口警察署于1951年归上海区港务管理局领导。1952年，港务局组成巡逻队，主管黄浦江面交通秩序和交通安全等工作后，上海港口警察总署即撤销。
二、上海航运公安局
上海航运公安局作为上海市公安局的一个下属单位，专司全市水上治安行政管理之职。设址于福州路185号。
上海航运公安局的前身为上海市公安局水上分局，成立于1949年6月。1956年10月，上海市公安局交通保卫处、水上分局和上海港务局、上海海运局的公安处合并组建上海航运公安局，属市公安局建制，受市公安局和上海区海运局双重领导。“文化大革命”开始后航运公安局基本解体。1973年1月，重新建立上海市公安局航运公安局，1985年1月恢复现名。航运公安局基本职责是：维护水上船舶、码头、渡口、公共场所的治安秩序；侦查水上发生的反革命案件及其它刑事案件；受理和查处水上各类治安事件；管理水上户口，对进出港口的船民和船舶进行登记、签证；对外国国宾游江及来访的重要舰船进行水上护航警戒；负责对水上交通系统企事业单位内部安全保卫工作联系和指导；打捞、检验、处理江河漂浮尸体，寻找死者家属，教育挽救轻生者；依法处理国际海员的有关治安、刑事案件；参与水上抢险救灾、处置水上各种突发性治安灾害事故；组织和指导水上群众治安队伍防范工作。
三、上海港公安局
上海港公安局是上海港口治安与消防的主管机关，实行上海港务局和上海市公安局、交通部公安局双重领导。中共党政属上海港务局领导建制，公安业务工作以上海公安局领导为主，交通部公安局领导为辅。设址于黄浦路112号。
上海港公安局的前身为成立于1953年的上海区港务管理局公安分处。1956年10月归并于上海航运公安局。1962年4月，上海港务局恢复组建公安处。1966年7月，组建交通部北方区海运公安局上海港公安局。“文化大革命”开始后解体。1977年7月恢复组建上海港公安局。
上海港公安局行使上海市市区公安局同等职权，主要负责上海港港区、货物及客运码头的全部治安保卫工作以及黄浦江和长江口水域消防监督、火灾扑救工作；负责居住在港区的外来暂住人口的户口管理以及开设在港区和毗邻港区的旅馆、招待所、商店等第三产业的治安管理；负责港区道路的交通管理，调查处理交通违章和交通事故以及上海港所属各单位机动车的检验、驾驶员的培训教育管理。
至1992年底，上海港公安局共有干警212人，本部设17个职能科室和直属部门，按港区分布下设18个派出所、2个公安科；下辖1个水上公安消防支队、9个港区公安消防队；配备消防船6艘（总吨位1287吨），消防车12辆；有消防指战员337人。
附：口岸管理机构
一、上海口岸管理委员会
上海解放后，随着对外经济的发展，为了统一管理和协调“口岸各单位”的工作，20世纪60年代初组建港口外事办公室，隶属市外事办公室和市交通口领导。“文化大革命”中，港口外事办公室被冲击，停止办公。1976年在市外事办公室内增设港口处。1982年港口处移交市政府交通办公室管理。1984年市政府批准成立上海口岸工作领导小组，1985年改组为上海口岸管理委员会。
上海口岸管理委员会由市政府主管交通的副市长和市政府交通办公室主任分别兼任主任和常务副主任；成员由上海市政府对外经济贸易委员会、外事办公室、上海市公安局、民航华东管理局、虹桥国际机场、东方航空公司、上海港务局、上海海关、上海海上安全监督局、上海远洋运输公司、上海市边防局、上海航运公安局、上海武警总队、上海船检分局、上海进出口商品检验局、上海卫生检疫所、上海动植物检疫所、中国外轮代理公司上海分公司、中国对外贸易运输总公司上海分公司、上海国际海员俱乐部、中国人民保险公司上海分公司、上海市旅游局等单位领导组成。该委员会受国务院口岸领导小组和上海市政府双重领导，以市管为主。其办事机构设在中山东一路33号上海市政府交通办公室内，由交通办公室口岸处以管理委员会办公室（简称口岸办）名义统一负责主持日常工作。口岸办下设驻港口外虹桥国际客运站码头办公室和驻虹桥国际机场办公室两个直属派出机构，负责现场各口岸单位有关部门的协调工作。
口岸管理委员会的主要任务是检查口岸各单位对国务院和各部委有关口岸工作的法规制度以及方针政策的贯彻执行情况；对上海口岸外贸进出口运输的计划平衡，协调运输生产，组织路、港、贸等有关部门的疏港疏站；督促检查口岸涉外纪律，对外宣传活动，业务培训和检查、检疫、检验等工作；协调、仲裁口岸单位的矛盾纠纷；检查督促口岸规划、建设和技术改造配套工作的组织实施并促使其同步进行。
二、上海海关
上海海关是国家设在上海口岸的进出关境的监督管理机关，受中华人民共和国海关总署直接领导，并受上海市人民政府监督指导。关址设于中山东一路13号。上海海关的前身为江海关旦海测剿爻济诧汐超搂，始设于清康熙二十四年（1685年）。从清咸丰四年（1854年）至民国34年（1945年），江海关由外籍税务司主持并通过外籍港务长控制港口。
1949年5月30日，上海市军事管制委员会接管江海关，收回了海关主权。1951年，政务院先后颁布《中华人民共和国暂行海关法》和《中华人民共和国海关进出口税则》，确立人民海关执行货运监管、征收关税、查禁走私三大任务和独立自主的关税政策。上海海关以国家法律为依据，以现场实际监管为基础，建立和健全了一套较为完整的申报、查验征税、放行的海关监管制度。至1992年，上海海关下设6个基层海关或办事处，即上海浦江海关、上海吴淞海关、上海虹桥机场海关、上海经济技术开发区海关以及驻邮局办事处、驻车站办事处，另外还有13个职能处室。其中，上海浦江海关设址于太平路1号，上海吴淞海关设址于逸仙路3301号。
三、中华人民共和国上海卫生检疫所
中华人民共和国上海卫生检疫所既是国家设在上海国境口岸的卫生行政管理机构，又是专业性的防疫机构。受中华人民共和国卫生检疫总所统一领导和管理。所址在中山东一路13号。
上海港口卫生检疫机构始设于清同治十二年（1873年），隶属于港务长。解放后，国家陆续公布一系列卫生检疫法规、条例。1950年，上海海港检疫所改名为上海检疫所，翌年又更名为上海交通检疫所，1957年改为现名。卫生检疫所的任务是：对入、出国境的人员、交通工具、运输设备以及可能传播传染病的行李、货物、邮包等物品实行检疫查验，医学检查、卫生检查和必要的卫生处理，并开展传染病监测、卫生监督、科学研究等工作。
1978年后，上海卫生检疫所在港口设置吴淞、宝钢、金山等3个检疫站。为了贯彻执行卫生部的有关规定，建立了入出境人员健康检查站（哈密路1701号）。为了加强实验室建设，对检验样品及时采样，及时送验，正确判断。该所建有强毒操作室（鼠疫）、一般细菌检验室、动物饲养室、鼠蚤检验室和病毒室；添置了比较先进的仪器，如低温冰箱、低温高速离心机、荧光显微镜、倒置显微镜、酶标测定仪、冷冻切片机等；并且有一支不断更新知识，广泛吸收国内外先进技术，具有较高素质的专业医技人员。
从1990年1月1日起，卫生检疫所在港口检查入境人员的健康证明书、艾滋病、性血清学检查报告和预防接种证书。
四、中华人民共和国上海进出口商品检验局
中华人民共和国上海进出口商品检验局（以下简称上海商检局），是国家商检局设在上海口岸的一个进出口商品检验机构，由国家商检局和上海市政府双重领导，以国家商检局领导为主。局址设在中山东一路13号。
民国18（1929年）年3月，上海口岸开始设有上海商检局。新中国成立后，人民政府接管旧商检局，废除旧的商检制度，建立了独立自主的新中国商检机构，统一了商检的政策法令。
上海商检局的基本任务是：对重要的进出口商品实施法定检验，由商检局签发检验证书、旅行单或在《进出口货物报关单》上加盖商检放行之章，作为海关放行的凭证；对一切进出口商品的检验工作实施监督管理；办理对外贸易公证鉴定。
该局具体分工负责进出口商品检验和有关业务工作的主要有4个检验处和2个业务处。
第一检验处：主要分管进出口粮食、油籽、茶叶、烟叶、饲料等农副土特产品和冻肉禽、水产品、鲜蛋制品、罐头食品、皮毛类、鬃毛类等食、畜产品检验。
第二检验处：主要分管进出口化工原料、金属材料、金属和非金属矿产品、石油产品、天然及合成香料等化矿产品检验。
第三检验处：主要分管进出口服装、棉布、丝绸、呢绒、化纤织物、生丝、棉花、黄麻等纺织原料和纺织品检验。
第四检验处：主要分管进出口车辆、机电仪表产品、成套设备和搪瓷产品、皮鞋、胶鞋、运动鞋、纸张、缝纫机、自行车等机电、轻工产品检验。
公证鉴定处：主要分管进出口商品的数量、重量鉴定、进口商品的残损鉴定、承运出口商品运载工具的适载条件鉴定、装运进出口商品集装箱装箱鉴定和拆箱鉴定以及清洁、卫生、风雨密鉴定等公证鉴定工作。
检务处：主要分管进出口商品检验的报验、申报、签证、计费、发证放行和办理普惠制产地证等检务工作。
除上述六个处以外，该局还设有化工品、矿产品、纺织品和机电产品等4个检测中心，以及上海进出口商品检验公司。
五、中华人民共和国上海动植物检疫所
中华人民共和国上海动植物检疫所建立于1965年3月，隶属于农业部国家动植物检疫总所，实行农业部和地方农业局双重领导，以部管为主。该所是代表国家行使进出境动植物检疫权力的口岸管理机关，执行国家公布的《进出口动植物检疫条例》的规定，对进出上海口岸的动植物、动植物产品及其运载工具、包装、铺垫材料以及其他可能传带有害生物的物品实施检疫检查和检疫处理。所址设于肇嘉浜路361号。
中国动植物检疫开始于20世纪30年代，上海是最早实施进出境动植物检疫的口岸之一。除抗日战争期间曾一度停顿，其间虽经各个时期，数易隶属部门，但持续至今。
上海动植物检疫的主要任务是：对进出境的动植物、动植物产品，包括贸易性货物和贸易性的旅客邮寄物品，实施全面检疫，经检疫合格，方准输入和输出；对发现有中国禁止的动物传染病、寄生虫病和植物的病、虫、杂草及其它有害生物时，作出检疫处理的决定并监督货（物）主执行；对符合输入国检疫的要求的出口动植物、动植物产品签发检疫证书供出口部门作为检疫凭证；对不符贸易合同检疫规定的进口货物，签发检疫证书，供进口部门对外索赔；审查、指导和监督进口动植物、动植物产品的饲养、植种和加工场所的防疫设施、条件和措施；有关动植物检疫的各种咨询服务工作。
上海动植物检疫所内设业务办公室、动检科、植检科、旅邮检科等业务科室。下设吴淞动植检疫所，虹桥国际机场动植物检疫所和动物隔离检疫场；另外还有国际客运码头、国际邮件交换局、上海火车站、宝钢码头和上海石化总厂码头等处临时派驻执行检疫。
根据动植物检疫技术的业务需要，在检疫业务科下，又分别成立专业技术实验室：动物检疫方面有细菌检验室、血清检验室、病毒检验室、细胞培养室、寄生虫检验室等；植物检疫方面有害虫检验室、真菌检验室、细菌检验室、病毒检验室、杂草检验室等。此外还有动物解剖室、实验动物饲养室、吸水纸法培养室、熏蒸试验室、苗木温室等配套辅助设施。
六、上海市公安局边防局
上海市公安局边防局是国家设在上海市对外开放口岸的行政管理机关，是代表国家行使出入境管理职权的部门，是国家公安保卫机关的组成部分，隶属上海市公安局建制领导。局址设在滇池路81号。
新中国成立初期，上海港仅有少数外轮、旅客出入，边防检查由上海市公安局外侨科及上海市公安局水上分局负责，只实施一般的验证和登记工作。
1951年1月4日正式成立中华人民共和国上海边防检查站，实施对中外籍旅客船只的入出境检查监护管理工作。1982年4月，组建了上海市公安局边防局（下辖边防检查站）。1987年7月，又组建了中华人民共和国吴淞边防检查站和中华人民共和国闵行边防检查站，均隶属上海市边防局领导。
上海边防海岸线从杭洲湾至长江口长达167海里，执勤线从绿华山锚地至上海石化总厂码头约235公里，其中黄浦江一段约60公里。海港边防管理业务由上海边防检查站、吴淞边防检查站、闵行边防检查站执掌。其主要任务是：对进出国境的人员、行李物品、交通工具进行检查、监护和受理，对外轮及其所在水域进行定期或不定期的巡视，对违反入境管理法的中外船只、旅客进行处理。

上海港治安机关始于清同治八年（1869年）设立上海港港警总部。1949年6月组建上海市公安局水上分局。1956年10月改组为上海航运公安局。1966年7月，交旦海测剿爻济诧汐超搂通部北方区海运公安局上海港分局成立。随后不久，受“文化大革命”冲击，航运公安局和上海港分局均先后解体。至1973年1月，重新组建上海市公安局航运公安局，1977年7月组建上海港公安局，分别负责港口水域和港区陆域的治安保卫工作。